Město zasáhlo v minulém období několik významných povodní, údaje je možné čerpat ze zdrojů Povodí Labe, státní podnik, ČHMÚ nebo například z webu Pardubická encyklopedie přátel Pardubicka.
První zpráva je o povodni 5. 2. 1775, kdy Pardubice postihla „neobyčejná záplava“. Velké povodně byly zaznamenány i v létech 1785 a 1786. Po mimořádné zimě roku 1798 se spoustou sněhu začalo v únoru 1799 tát, u mlýnů na Bílém se nakupily kry, Chrudimka se rozlila. Tok uvolněn po prolomení jezu a lávky nad ním.
10. 6. a znovu 13. 6. 1804 se rozlila Chrudimka od Nemošic k N. Jesenčanům a přes Olšinka po Karlovu ul. Na Chrudimce zničeny oba mlýny, mlýny, stržen dřevěný most. Bílou branou a Arnoštskou ul.se provalila voda, zaplavila Wernerovo nábřeží i Kostelní ulici, protrhla Děkanskou hráz a zaplavila zámecký příkop, strhla dřevěný most do zámku. Stržen i Labský most, zničena úroda. Naplaveniny v příkopě použity k navezena Hladové hráze místo dřevěného mostu od Příhrádku k zámku.
Podobná povodeň byla v dubnu 1833, poté 26. 1. 1834, tu až 6. února zastavil mráz. Velké škody napáchaly Labe a Chrudimka v létě 1860 a také v březnu 1881. Na jaře 1883 po velkém suchu vytrvale pršelo, Labe se vzdulo o 386 cm, protržení hráze rybníka Krejcar u Kameniček na Vysočině způsobilo povodeň po toku Chrudimky až do Pardubic, voda se rozlila až k ohradní zdi Kostelíčka, zaplavila Arnoštskou a Kostelní ul., kde značka na čp. 99 připomíná výšku vody 20. 6. 1883, opět protrhla Děkanskou hráz. Městská řeka zaplavila i kasárna kolem Starého Města. Mimořádné povodně byly v červnu 1886 a r. 1887 hned třikrát. Labe 7. 4. 1888 stouplo o 386 cm, povodně velkého rozsahu zaznamenány v květnu 1896 a v červenci, srpnu 1897.
16.–18. 6. 1926 rozvodněná Chrudimka způsobila velké škody, zatopena byla velká část cvičiště žel. pluku pod Vinicí a nižší části Nemošic a Mnětic.
6. 7. 1958 Labe zčásti zaplavilo staveniště elektrárny u Opatovic, 7. 7. v 1 hodinu ráno se pod nánosem prohnula montážní lávka stavby mostu v Pardubicích, museli zasáhnout vojáci, Labe dále stoupalo až na 510 cm nad normál. Zaplaven byl Park kultury a oddechu na pravém břehu. Koupaliště u Cihelny budované za pomoci brigádníků vyšlo z povodně dobře, jen z malého bazénu se musel čerpat voda, stavební materiál, cement byly odvezeny včas. Protržena byla hráz Haldy, na Chrudimce u jezu hydroelektrárny poškozena dvě sklopná stavidla.
18. 4. 1962 rozvodněné Labe opět zaplavilo a silně poškodilo amfiteátr PKO na pravém břehu.
12. 3. 1981 obleva a deště způsobily povodně na Labi i Chrudimce, přehrady na Chrudimce naplněny, Labe mělo průtok 560 m3/s (průměr 60 m3/s), v pondělí 16. 3. ráno začaly hladiny obou řek klesat.
13. 3. 1981 rozvodněné Labe zaplavilo pobřežní stezku a sklepy domů na nábřeží Z.M.
13. 2. 1982 po velkých mrazech nastalo oteplení, ledové bariery hrozily povodněmi na Labi, proti nim úspěšně zasahovali střelmistři ze Semtína pomocí táhlých náloží Permonexu.
9. 7. 1997 v Pardubicích kulminovala téměř 100letá povodňová vlna Labe, rozvodněny byly řeky Labe, Loučná, Chrudimka a Novohradka. Byla prováděna přípravná opatření na hrozící částečné zaplavení nejvíce ohroženého sídliště Závodu Míru v Pardubicích, nakonec k vybřežení vody do sídliště o několik cm nedošlo. Zaplaveny byly nemovitosti podél vodních toků, komunikace a zahrádkářské kolonie. Značnou závažnost, zejména ekologickou, mělo částečné zaplavení areálu Syntesia a.s. včetně ČOV, která musela být odstavena z provozu.
Povodeň v srpnu 2002 se také nevyhnula území Pardubicka, i když neměla tak katastrofální průběh jako v jihozápadní středních a severozápadní polovině Čech. Na řece Labi i Chrudimce bylo dosaženo 3. SPA.
V červnu 2013 bylo zasaženo především horní povodí Labe, níže po toku průtoky kulminovali na úrovni Q5. Druhá povodňová vlna zasáhla území v působnosti Povodí Labe, státního podniku ve dnech 22. 6. – 28. 6. 2013 v menším rozsahu a kulminační průtoky nedosáhly úrovně vodnosti z první povodňové vlny. Zasaženo bylo zejména povodí Chrudimky a Doubravy s kulminačními průtoky na úrovni Q5–Q10 a především povodí Novohradky s průtoky na úrovni Q20–Q20. Na Labi pod profilem Labská bylo dosaženo vodnosti Q5–Q10. Kulminační průtoky na ostatních tocích nepřesáhly vodnost Q5.
Poslední povodně proběhly v červnu a říjnu 2020, v návaznosti na hydrometeorologickou situaci došlo v červnu a říjnu roku 2020 ke zvýšení stavů a průtoků v toku Chrudimky, které v těchto povodňových epizodách překročily limity pro vyhlášení 2. a 3. SPA, vlivem přívalových srážek byla zaplaveny nemovitosti i podél menších vodních toků.
48hodinový úhrn srážek na základě kombinace radarových a srážkoměrných měření za období od 27. 6. 18 UTC do 29. 6. 18 UTC
Další informace: mapa Historické povodně evidované v DIBAVOD